Han begynte sin MMA karriere tidlig n sitt liv i en alder av 17 år da han først begynte å komme inn i brasiliansk stil av Jiu-Jitsu. I 1997 begynte han å trene under Ralph Gracie og endte opp med å få hans svart belte i 2000. Han endte opp med å vinne World Jiu-Jitsu Championship som well.BJ Penn deretter gikk på jakt etter større og bedre arenaer. Han fanget oppmerksomheten til UFC og president Dana White og de var i stand til å overtale ham til å bytte til Mixed Martial Arts. Penn første kamp var i 2001 den 24. mai, og han fikk en seier over Joey Gilbert.
Han viste noen lover i sin stå opp spillet og levert noen knockouts til andre konkurrenter.Poengene første ordentlige MMA milepæl han traff var i 2004 da han vant en MMA-mesterskapet på UFC 46. Han slo regjerende mester Matt Hughes i en høyere vektklasse, og gjorde det med en bakre naken choke. Kampen tok bare fire minutter i første runde. Dette fått BJ mye publisitet og etter noen flere kamper han bestemte seg for at det ikke var nok konkurranse i UFC og ønsket å se andre steder for å finne utfordrende competitors.
From det Penn gjorde en kort stint i FEG, som er den japanske slåss og Entertainment Group. UFC opphevet sin weltervekt tittelen sier han brutt kontrakten og så han gikk på å ta på seg noen nye motstandere. I 2006 Penn avtalt et oppgjør med UFC og at han vil returnere tilbake ligaen. I sin retur kampen, mistet han til Georges St. Pierre i en split decision.The neste store kamp i ligaen var hans omkamp med Matt Hughes der han tapte kampen når Hughes fikk ham i bakken og slo ansiktet hans før dommeren stoppet kampen.
Etter at han deretter gikk på å være en coach for The Ultimate Fighter i 2007 og kom til omkamp Jens Pulver hvor han vant kampen med en annen bak naken choke.Penn ville nok en gang kjempe om weltervekt tittelen på 31 desember 2009 mot Georges St. Pierre, men vil igjen bli beseiret i ringen med sin hurtighet og hans takedowns. Etter tapet, kunngjorde Penn at han ville ha pensjonert med sine to belter hadde han