The bygningen nå brukt som klubbens hovedkvarter er et gammelt landsted som ble bygget i 1702, før Barcelona kjøpte den i 1954. Den ble brukt som en workshop av arkitekter og utbyggere av ny stadion Camp Nou. Når Camp Nou ble innviet i 1957 La Masia ble ombygd for bruk som hovedkvarter den ble åpnet 26. september 1966, men etter 1979 La Masia hadde blitt gjort en sovesal for unge spillere som ville komme fra utenfor byen. Ideen om en etablert ungdomsakademi kom fra Johan Cruyff som var en ungdom produkt av den kritikerroste Ajax Academy.
Han foreslo det til president i klubben på den tiden Josep Nez som aksepterte det og utnevnt Oriol Tort som regissør til over se it.One av de første avgangselever på La Masia er Josep Guardiola, som startet i det første laget i 1990 han hadde uteksaminert under Cruyffs ledelse som innpodet Cruyff totale fotballfilosofi som er det mange ser på som en viktig del av Barcelonas suksess gjennom årene, og vil senere inspirere andre midtbanespillere i samme form som han, slik som Xavi Hernndez, Andrs Iniesta og Cesc Fbregas .
Faktisk Xavi har blitt sitert i å si at han vurderte å forlate klubben på grunn av mengden av trykk og høye forventninger til å bli den neste Guardiola. Etter at han hadde forlatt klubben og reiste til utlandet for en stund kom han tilbake som trener for Barcelona B-laget i 2007 der han gjorde mange endringer som teamet som laget hadde blitt henvist til fjerde nivået i spansk fotball, og i de to årene han var der de ble forfremmet til den høyeste ligaen de kan spille i andre tier (dette er på grunn av Barcelona å være i den øverste ligaen) .
Han omorganisert ungdommen struktur og overbeviste president i klubben at de trengte å forbedre treningsfasiliteter og flytte ungdomslagene slik at de kan arbeide tettere med trenerne. Også lagene filosofi er å integrere minst en juniorspiller i hoved Barcelona lag hvert år. De siste årene har La Masia har fått flere medieoppmerksomhet mange har uttalt at det har erstatte Ajax-akademiet som fotballer fremste