Historien begynner i 1993 i Somalia når Elliot Salem og Tyson Rios (hovedpersonene i spillet) er fortsatt i USA 75th Ranger Regiment, hvor de har til oppgave å jobbe med Phillip Clyde for sikkerhet og Strategy Corporation (SSC) til myrde Abdullahi Mo'Alim. Etter dette oppdraget, Philip Clyde, på vegne av SSC CEO Ernest Stockwell, inviterer oberstløytnant Richard Dalton (sjef for 75th Ranger Regiment) for å delta i selskapet for en kontorjobb. Han er enig, ber om å bringe Salem og Rios med ham som entreprenører, og året etter, de tre gå inn i privat sektor.
Salem og Rios begynne en åtte år strekning av leiesoldat arbeid i ulike amerikanske operasjoner før hendelsene 11. september 2001. De blir deretter ansatt for å infiltrere et fjell rakett base (left av russerne fra den kalde krigen) i bruk av Al Qaida. Den har til oppgave med ødeleggelsen av mellomdistanse M-11 raketter, eliminering av terrorist Al-Habiib, og redningen av Brian Hicks (en annen SSC operative som ble tatt prøver å oppnå de samme oppgavene).
Etter å ha drept Al-Habiib, ødelegge de en buffer for kjemiske stridshoder med hjelp av en hacker, som arbeider under håndtaket "Section Eight".
Det er annonsert i nyhetene at SSC har kjøpt Black Mountain Industries, en annen PMC. Fusjonen gjør SSC den største PMC i verden, noe som fører til kontrovers at de blir for mektig. Dalton forsikrer publikum om at deres motiver er rene.
I 2003, de to er sendt tilbake til Irak etter Alice Murray, deres misjon koordinator. Deres oppdrag er å redde oberstløytnant Samuel Eisenhower, en venn fra Salem og Rios 'gamle Army Ranger troppen.
De blir fortalt at han har viktig informasjon, og blir holdt som gissel i en amerikansk base som har falt under fiendens kontroll. Salem og Rios hell trekke ham til et helikopter. Men snart etter den løfter seg, eksploderer det. Salem kommenterer at med Eisenhower døde, bare han, Rios, Dalton, og en annen soldat ved navn Pedro er de eneste gjenlevende medlemmene av deres tidligere ti mann enhet. Ali Youssef, en irakisk terrorist, hevder ansvar for Eisenhowers død, og de to har til oppgave å eliminere ham, hans løytnant, og hans irakiske basen.
Etter oppdraget, Senators Alex Richter og Richard White diskutere et lovforslag som kommer før Kongressen på TV. Hvis vedtatt, vil regningen fortrenge den militære og erstatte den med private entreprenører, hovedsakelig fra SSC. Whitehorse er imot regningen mens Richter ønsker at det skal bli vedtatt, k