Siden fremveksten av Internett, betydelige hull i CGI-grensesnittet har blitt oppdaget at dersom et skript er dårlig skrevet, kan tillate et system som kjører en webserver til være fullstendig tilgjengelig til en kunnskapsrik hacker. Dette gjør CGI mindre enn ønskelig der sikkerheten til dataene på webserveren er viktig, som det ville være på de fleste bedrifts Internett og intranett servere, og spesielt på nettsteder som tilbyr online finansielle transaksjoner og kredittkort salg.
I tillegg er CGI grensesnittet ikke meget effektiv. Webserveren kjører en eller flere prosesser som svarer klientforespørsler. Nettleseren starter deretter barn prosesser for CGI program, passerer data til denne nye prosessen og venter til den er ferdig. På et travelt område, kan dette føre til et stort antall nye prosesser som trenger å starte i korte perioder av gangen, spesielt der CGI scripts blir mye brukt. Hver forespørsel om en CGI programmet fører til en egen prosess for hver forespørsel.
Dette er svært ineffektiv måte å behandle store mengder data og forespørsler, og det er grunnen til at mange ledende webservere har gjennomført sine egne APIer for skriver server-side-programmer.
Application Program Interface
APIer gi en måte å skrive programmer som integrerer tett inn på webserveren og er generelt ikke nødvendig nye prosesser for hver forespørsel. APIer har aktivert utvikling av web-baserte applikasjoner som er i stand til å håndtere et stort antall henvendelser sammenlignet med tilsvarende CGI-baserte løsninger.
I tillegg har API-baserte løsninger har vært gjenstand for kritikk mindre med hensyn til sikkerhet. API-baserte programmer kan generelt gjøre de samme jobbene som CGI-programmer gjør, for eksempel informasjon gitt i skjemaer behandling, tilgang til data i databaser, og verifisere.