Disse to teknikker er meget viktig for å identifisere ukjente kjemiske forbindelser. Infrarødt hjelper med å bestemme strukturen av en forbindelse ved å finne eksakt posisjonering og nærvær av forskjellige bindinger, mens massespektroskopi bidrar kjemiker å identifisere den relative molekylvekt av forbindelsen. Begge teknikker som brukes sammen kan bidra til en kjemiker til å identifisere en ukjent løsning.
Infrarødt fungerer ved å utsette et molekyl for stråling. Innenfor molekylet er det forskjellige typer av bindinger, og hver har sin egen binding vibrasjonsfrekvens.
For eksempel kan en enkeltbinding vil ha ulik vibrasjonsfrekvens enn dobbeltbinding. Så når disse forskjellige bånd er utsatt for stråling vil de absorbere energien til forskjellige frekvenser. Derfor er deres vibrasjonsfrekvens vil forandre seg etter hvert som de absorberer stråling, og i henhold til typen av bindingen det er, vil det absorbere frekvenser bare i visse områder. Dette gir IR-spektra som kan tolkes for å vise hvor mange forskjellige bindinger er til stede i molekylene. Dette gir informasjon om funksjonelle grupper i molekylet, og hvordan de er bundet.
Denne teknikk er verdifull for å skille mellom forbindelser så som alkoholer, karboksylsyrer, estere og karbonyler.
massespektroskopi virker ved å bryte molekyl i små fragmenter. Hvert fragment blir veid og overflod av hvert fragment er vist. Disse fragmentene blir satt sammen for å gi den totale masse av det opprinnelige molekylet. Molekyler blir fordampet og deretter bombardert med en elektronkanon. Denne elektronkanon banker av elektron fra atomer i molekylet og ioniserer dem.
Disse ionene akselereres ved hjelp av elektrisk felt og deretter føres gjennom et magnetisk felt, hvor de avbøyes i samsvar med deres masse. De tunge ioner med reise ved lav hastighet og vil ikke bøye så mye. Disse ionene blir så detektert og et spektrum er fremstilt med toppene av ion-fragmenter. Spekteret viser masse å lade forhold på hvert fragment, og hvor rikelig hvert fragment blir produsert. Denne massespektrum, blir brukt til å regne ut den relative molekylvekt av forbindelsen.