The Monitor har zappet Chief inn i en mørk, cavernous gangen kryr av Flood. 343 nynner for seg selv som Master Chief slogs gjennom bølge etter bølge av fiender.
Den flytende, blå AI Chatters også på og om de opplysninger om syndfloden, den spartanske er Mjolnir rustning, tekniske problemer (dette er en ganske ødelagt bibliotek), og "Index" som han trenger din hjelp til å få. Etter sprengning, pounding og generelt rive Flood en ny en for flere etasjer i mørke huler, får Monitor hva Chief kjempet for, indeksen, og de to teleport away.Two svik
Ved retur til Control Room, Master Chief lærer av 343 Guilty Spark antatte bedrag.
Etter innsetting indeksen inn i konsollen, og dermed gi den til Cortana, lærer han fra rasende AI at Halo endelige våpen som Monitor prøvde å aktivere gjennom Master Chief ikke drepe Flood, det dreper deres mat. Aktivering av ringen, som i sin tur aktiverer alle de andre installasjoner, ville utslette all sansende liv i galaksen for å sulte Flood virus. Menneskeheten ville bli utslettet fra jordens overflate, blant andre planeter.
Guilty Spark synes oppriktig forvirret av Chief uvitenhet mot Halo formål, og snakker om en annen gang i fortiden når Reclaimer aktivert visstnok ringen endelige våpen. Når Master Chief nektet å utlevere Cortana over til Monitor, AI sendte sine Sentinel roboter å angripe ham. Den spartanske hadde nå en ny, dødelig fiende. Cortana forklarer hennes plan til Master Chief. Først må de ødelegger Halo er pulsgeneratorer å bremse Monitor ned hvis han finner en måte å aktivere Halo uten Index.
Da må de finne kapteinen eller hans neural implantater for å detonere Pillar of Autumn Fusion motorer, noe som skaper en eksplosjon kraftig nok til å ødelegge ringen. Fighting gjennom Covenant, Flood og Sentinels de tar det første skrittet: ødelegge alle tre pulsgeneratorer i juvet. Cortana kraner deretter inn i Halo er teleporte nett, bruker energi fra Chief rustning, for å få til signalet fra Captain Keyes 'nevrale implantater så fort som possible.
Keyes
Etter en ustø oppføring som hadde Master Chief landing på hans hodet, begynner å utforske et skip der Covenant og Flood er engasjert i en brutal nærkamp. Captain Keyes legger ut en svak, vaklende kommando for d