Den biologiske informasjonen kan lagres i ulike databaser. Hver database har sin egen nettside med unike navigasjonsverktøy. De biologiske databaser er generelt offentlig tilgjengelig.
De kan klassifiseres i
nucleotidsekvensen data innsendt av forskerne og genomsekvense grupper er i databasene nemlig GenBank, EMBL European Molecular Biology Laboratory, og DNA-data Bank of Japan. Dette er en god database som de er synkronisert på en daglig basis.
Nukleotidsekvensene er tilgjengelige i form av klyngen som representerer gener som finnes i disse bankene. Informasjon vedrørende komplette genomet prosjekter er tilgjengelige. Foruten de primære nucleotide databaser, er det noen andre databaser også å gi informasjon om gener, genomer og pågående forskningsprosjekter.
Disse er vanligvis fremstilt fra eksisterende litteratur og i samråd med ekspertene. I fakta, det databaser representerer de oversatte DNA-databaser.
For eksempel sveitsisk- PROT gir beskrivelsen av strukturen til et protein, dets domener struktur, dens domener struktur, post translasjonelle modifikasjoner, alternative etc. Det har høyt nivå av integrasjon med andre databaser og minimal grad av redundans. Det har også mønstre og profiler for sekvenser og biologiske funksjoner.
De tredimensjonale strukturer av makromolekyler er bestemt av X- ray krystallografi og kjernekraft magnetisk resonans. PDB og SCOP er de primære databaser av 3 D strukturer av biologiske molekyler.
KEGG database er en viktig en som gir informasjon om nåværende kunnskap molekylærbiologi og cellebiologi med spesiell referanse til informasjon om metabolske veier, samspill molekyler og gener.