Strategien ble tatt opp av det kinesiske militæret also.In det 15. århundre ninjaene ble leid inn for formålet med raiding. De var terrorister og brannstiftere par excellence. I motsetning samurai of Japan kjempet åpne dueller. Men under vanskelige tider av Sengoku-perioden var det stor etterspørsel etter ninjaer og mindre betydning ble gitt til respektabilitet. Ninjaer ble spioner, eksperter i bakhold angrep og sprer agitations. Det var familier med ninjaer som dannet store klaner som hver har sitt eget territorium.
Innen dem var der vurdering med Jonin være den øvre mann, Chunin være midt mann og assistentene blir Jonin. Den laveste var lavere mann eller genin. Sistnevnte ble rekruttert fra de lavere gradene og sendt ut i forkant av trouble.Following beleiringen av Osaka i 1614 ninjaene kom igjen å være ansatt. Miura Yoemon var en ninja ansatt av krigsherre Tokugawa. Han leide flere ninjaer fra Iga klaner og sendt ti av dem til Osaka-slottet. Det er verdt å nevne her at ninjaene som kom fra klaner. I pre-moderne gammel Iga provinsen levde de Iga og Koga klaner.
I denne regionen landsbyboerne i hovedsak var blitt opplært til å være ninjaer. Etter en slik avgjørende seier IGA ninjaene ble vakter for den indre territorium Edo Castle nær moderne Tokyo. Ninjaene i Koga klanen fikk avtaler i politiet og hjalp i vokter kjøreporter av slottet. I den tiden Japan var opprinnelig kjent som Ozakajo. Osaka spilt en viktig rolle i samlingen av landet i det 16. century.The ninjaer tok en sentral rolle under bonde opprør kjent som Shimabara Rebellion i det 17. århundre. Bøndene var stort sett kristne. De Koja ninjas ble ansatt av en shogun en person av militær rank.
In de første årene av det 18. århundre shogun Tokugawa Yoshimune sette opp et etterretningsbyrå, Oniwabanshu, bestående av ninjaer. Det sikret informasjon av hensyn til rikets sikkerhet. Gruppen består av onmitsu ninjaer som snuste ut alle aktivitet