Uansett, kamp i Prototype er en eksplosjon.
Bruk av funksjonstastene eller en sleip radial meny som bremser ned spillet når du henter den, kan du forandre form i ulike former som morph armene inn kniver, en pisk, og hammerlike nevene. Du har også muligheten til å bruke mer konvensjonelle våpen droppet av fiender og, til slutt, for å kapre stridsvogner og kamphelikoptre. Sistnevnte er spesielt morsomt, fordi du kan bruke en whiplike armen for å klinke til dem i løse luften -.
Selv mens du faller fra et annet helikopter som du har blitt skutt ned i en fordel av å ha alle disse alternativene er tilgjengelige for deg, så vel som evnen til å skjule deg selv som noe menneskelig karakter at du "forbruker" (les: absorbere) for å gjenvinne helse, er at mange av de som allerede er varierte historieoppdrag (samt et par av de boss kamper) kan bli kontaktet i en rekke forskjellige måter.
For eksempel, hvis du trenger å ødelegge et element i en militær base, kan du prøve det i en av de nevnte biler, gå rett inn der og sett om å drepe eller konsumere alt som beveger seg, stå på en nærliggende taket og kaste ting, eller selv forkle deg som soldat og distrahere den virkelige militære ved å peke på en nærliggende karakter og erklærte at han er fienden. Som en soldat look-alike kan du selv ringe i luftangrep fra dine intetanende kamerater, men du får bare et svært begrenset antall av disse.
Noen oppdrag, og nesten alle av de valgfrie utfordringer spredt over hele øya, tvinge deg til å spille en bestemt måte, men for det meste du er fri til å bruke omgivelsene og alt i den slik du ønsker.
Mercer vokser stadig kraftigere som du avanserer, men det gjør hans fiender.
Det er nesten umulig å spille Prototype uten følelse som Mercer er en overmannet tegn på et tidspunkt, men når du starter å bli for komfortable, det er en god sjanse for spillet er i ferd med å forandre ting opp på deg.
Å gi konkrete eksempler vil være å risikere å ødelegge spillets historie for deg, men det er nok å si at ny