Det begynner på High Charity, mobil hovedstaden of the Covenant, med dom og straff over den tidligere Supreme Commander av Fleet særlig Justice, Commander Thel 'Vadamee, hvem Hierachs, High profeter High Council , anser skyldig i ikke å beskytte den hellige Ring under hendelsene i Halo: Combat Evolved.
'Vadamee deretter fratatt sin rang og merket med Mark of Shame av Tartaros, Chieftan av Brutes
Historien svinger deretter til jordens Orbital Defence Platform Cairo Station, hvor SPARTAN-117 får ny Mjolnir Mark VI rustning fra Master Gunnery Sergeant Han møter da Fleet Admiral Terrence Hood for en prisutdeling holdt for de to formålene med tildeling meritterende handlinger og øke moralen til den gjenlevende befolkningen og bemerket som en krigshelt (John-117 har allerede fått alle medaljer unntatt for "Prisoner of War" medalje).
Festlighetene blir snart avbrutt av Cortana rapportering "15 Covenant Capital Ships venteposisjon like utenfor kill zone", signaliserer starten på Covenant Siege of Earth. UNSC Marine styrker sammen med SPARTAN-117 beskytte stasjonen fra invaderende Covenant Naval Infantry men andre stasjonene ble ødelagt av konvensjonen. Etter å ha sendt bombe at Covenant hadde plassert på skipet tilbake til verdensrommet (ødelegge flere skip) han landet på en UNSC skip og deretter de leder til overflaten av jorden til New Mombasa å bekjempe Covenant hæren, ledet av høy profeten av Regret.
Etter Covenant invasjonsstyrken blir stanset av Sikkerhetsrådet forsvar, profet Regret flykter Jorden med Miranda Keyes, Captain Keyes datter, og hennes avløsning i jakten på In Amber Clas. Den hastige in-atmosfære hopp ødelegger byen New Mombasa; ødelegge Space Elevator og spredning sin vraket for miles rundt.
Historien slår deretter tilbake til vanæret Sangheili Commander, Thel 'Vadamee, som gis muligheten for innløsning av High profeter Sannhet og Mercy i å ta opp arven Arbiter, sammen med den forestående dødelighet av oppgaven.
Den nye Arbiter aksepterer og blir viljen til profetene, som søker å fullføre den umulige oppgaven tildelt for innløsning fra sine forbrytelser. Thel 'Vadamee har ansvaret for drapet på en kjetter Leader, som er desillusjonert med Covenant etter hendelsene for installasjon 04 opp til sin ødeleggelse. Thel 'Vadamee sporer Heretic Leader hele gass mine (kjemper kjettere og Flood) der kjetterne søkt tilflukt.
Når Thel 'Vadamee er endelig i stand til å møte Heretic Leader,' Refumee hevder sin tro på at profetene har