Under Bibliotek, SPARTAN-117 befinner seg i klørne til den Gravemind, skapningen som fungerer som sansende etterretning av Flood. Selv Thel 'Vadamee hadde falt fra en stor høyde, blir han reddet fra stuper i døden av Gravemind tentakler. Det er innenfor Gravemind kammer hvor Thel 'Vadamee og SPARTAN-117 møtes. I tillegg er profet Regret smittet og assimilert inn i massen.
Også innført er det 2401 Penitent tangent, Monitor installering 05. Begge tegn fungere som utstilling til Thel 'Vadamee, som Regret forblir lojal til sin tro, og skjermen er fullt klar over sin status som et våpen. Thel 'Vadamee er videre ført til spørsmålet hans tro ved både SPARTAN-117 og Gravemind seg selv, som de begge prøver å overbevise Elite at Covenant tro på Halos er en løgn, avsløre at Halos ødelegge livet, ikke lagre det .
Denne informasjonen, samt informasjon om den forestående folkemord av Elites føre Thel 'Vadamee motvillig bli med SPARTAN-117 i oppdrag å stoppe ringen blir aktivert. Den Gravemind sender både SPARTAN-117 og Thel 'Vadamee til forskjellige steder for å stoppe Index fra å nå sin destinasjon. SPARTAN-117 ble sendt til høy Charity å hente Index mens Thel 'Vadamee ble sendt til området der kontrollrommet installering 05 å stanse Covenant fra aktivere ringene.
SPARTAN-117 går deretter inn i midten av et konferansesenter of Truth.
Profeten of Truth, etter å ha flyktet attentat, flykter til Dreadought. John-117 jager ham, drepte mange Covenant soldater på vei. Han vitner også konflikten mellom eliter og Brutes. SPARTAN-117 lagrer noen Marines underveis. I mellomtiden, Flood, under kontroll av den Gravemind krasjet inn Høy Charity hjelp av In Amber Clad. Når John møter nesten Truth, finner han Mercy blir smittet av vannflommen; Profeten forteller den spartanske at sannheten kommer til jorden for å "fullføre det vi startet". I hans arbeid med å nå Runner Dreadnought, må han kjempe seg gjennom Flood og Covenant.
Etter ombordstigning gjennom en energikanal Dreadnought, etterlater han Cortana bak, men lover at han vil komme tilbake til henne.
I mellomtiden Thel 'Vadamee er teleportert til nær Halo kontrollrom. Der finner han mange døde Elites, som var uten tvil drept av Brutes. Med hjelp av noen få utplassert Elites, og sympatiske Grunts og Hunters, kjemper han