Master Chief kriger profet Regret.
Slå tilbake til SPARTAN-117 historie, avslutter Keyes slipspace i skipet hennes uoppdaget med profeten av Regret uvitende om at han hadde blitt fulgt. Til overraskelse for de som forfølger, oppdager de at Regret ledet dem til en annen Halo Ring. Keyes snart bestemmer at deres mål er å fange profeten av Regret og stoppe Covenant fra avfyring av Halo Rings; SPARTAN-117 er droppet på overflaten av Installasjon 05 med ODSTs å fjerne Regret. I løpet av forfølge Regret, oppdager SPARTAN-117 ved hjelp av Cortana at profeten har til hensikt å personlig aktivere Halo.
Keyes bestemmer seg for at den nye åpenbaringen om Regret intensjoner garanterer hans død, som SPARTAN-117 hell oppnår. Men før du kan gjøre sin flukt, Covenant og High Charity, som nettopp har kommet, forsøk på å drepe SPARTAN-117 ved glassing området, og han hopper i sjøen rundt Regret beliggenhet. Ufør fra sjokket Paktens bombardement, er SPARTAN-117 sist sett som dras inn i dypet av innsjøen ved tentakler av Gravemind, en gammel og svært intelligent Flood form.
Historien skifter nå tilbake til Thel 'Vadamee på High Charity, i bane rundt ringen.
De Hierarchs hadde erklært Regret død å være Elites 'fiasko, og de ble fjernet som beskyttere av profeten, som skjenke rollen til de Brutes, forårsaker mer spenning mellom Brutes og Elites som allerede er på kant med hverandre. Til tross for dette Thel 'Vadamee er gitt et nytt oppdrag å gjenopprette en hellig element fra Biblioteket, ikke å ha dødd i hans tidligere oppdrag som alle hadde forventet.
Gjør sin vei gjennom Karantene Zone vendt score til Flood og Sentinels på overflaten av Installasjon 05 søker aktiverings Index, gjør Thel 'Vadamee sin vei inn i biblioteket og fanger Index sammen med Keyes og Johnson etter at de utvinnes det fra sin beskyttende hus . Før han kan ta besittelse av indeksen, Tartaros intervenerer i Thel 'Vadamee oppgave igjen. Etter å ha tatt Index inn i sin egen personlige besittelse, avslører