Daniel var undervisningen ved Brooklyn Prep der han følte seg fryktelig kvalt. Han ble senere ansatt som assisterende professor i dogmatikk. Det oppfordres han sine studenter til å undersøke slum boforhold som eksisterte i Syracuse. Som en konsekvens av hans studenter avdekket en ubehagelig forholdet mellom høgskolen og lokale utleiere. Som en konsekvens av noen kalt for sin avgang. Daniel fikk inn ytterligere problemer for å støtte en vokal pasifist og krig resister.
Han grunnla International House utenfor campus med det formål å tjene som et samlingssted for studenter som har interesser sammenfalt med moralske diskusjoner, indre-city aktivisme, sosialt arbeid og mulige tjenesteperioder i utviklingsland.
Til slutt, lidenskaper og aktivisme av Berrigan brødrene kommer sammen. Mellom år 1960 gjennom 1963, Daniel sendt sine studenter til sin bror Philip å bistå Congress of Racial Equality (CORE) i sine sivile rettigheter kampanjer.
I 1963 ble brødrene invitert til å bli med andre prester i et forsøk på å integrere fasilitetene på Jackson, Mississippi flyplassen. Det de skulle møtes med James Farmer av CORE å planlegge en strategi. De innså at deres engasjement kan føre til fysiske vold og fengsel. Biskop Jackson, som var Daniel overlegne, fryktet represalier mot de lokale kirkene, forbudt Daniel fra å gå. Daniel søkt veiledning fra sin mentor Thomas Merton, forfatter av den berømte teologiske og filosofiske arbeid, Seven Story Mountain . Merton rådet ham til å følge hans overlegne ønsker, men å vedvare i sin bredere oppdrag. Daniel slutt adlød hans overordnede. Hans bror, Philip, som Josephite, fortsatte å konfrontere Jim Crow i Sør og ble involvert i distribusjonen av mat og klær. Philips fortsatt aktivist og konfronterende engasjement både i borgerrettighetsbevegelsen og som en frittalende kritiker i 1960 resulterte i hans tvunget overføring fra sitt fellessk
Sløse livet med Ulogisk Politisk Beliefs