Det var Gulf of Tonkin affære som var vendepunktet i amerikansk engasjement i Vietnam.; President Lyndon Johnson brukte denne falsk hendelsen til å rettferdiggjøre en videreføring og akselerasjon av krigen. Denne nye virkeligheten befestet Berrigan brødrenes opposisjon til konflikten.
I tillegg holdningen til afrikansk-amerikanere mot deres fortsatte undertrykkelse flyttet til større militante som eksemplifisert ved økningen i påvirkning av Malcolm X. Watts opptøyene i 1965 videre lagt til nasjonal usikkerhet. Katolske Workers, som representerte den progressive fløyen av den katolske kirke som ble grunnlagt i 1933 av Dorothy Day og Peter Maurin, ble mer involvert i antikrigsaktiviteter med en rekke av sine medlemmer å brenne seg i live i protest mye som sine buddhistiske kolleger i Vietnam. En av disse var Roger LaPorte.
Daniel visste LaPorte; som en konsekvens, biskop Cardinal Spellman forsøkt å ha Daniel utvist fra erkebispedømmet New York. Som et kompromiss ble han sendt til Chile. Der gjorde han noen betydelige sjel søker.
Følgende er noen av de kjente involveringer av Berrigans i anti-krigsinnsatsen.
October 27,1967, Baltimore Fire (Philip Berrigan, artist Tom Lewis, poet, lærer og forfatter David Eberhardt og United Church of Christ (UCC) pastor pastor James L Mengel) helte blod på selektiv tjenesten poster i Baltimore Customs House.
I sitt forsvar uttalte de at: «Dette offer og konstruktiv handling er ment for å protestere mot ynkelig avfall av amerikanske og vietnamesisk blod i Indokina." De ble senere dømt til seks års fengsel.
Den 17. mai 1968 ni katolske kvinner og menn blant de Berrigan brødrene kom inn i Selektive kontorer i Catonsville, Maryland. De fortsatte å fjerne hundrevis av utkast poster og seremonielt brente dem med hjemmelaget napalm i protest mot krigen.
I forsvaret av sine handlinger, ga de følgende uttalelse: "Vi konfrontere den romersk-katolske kirke, andre kristne kropper, og synagogene i Amerika med sin taushet og feighet i møte med vårt lands forbrytelser. Vi er overbevist om at den religiøse byråkrati i dette landet er rasistisk, er medskyldig i denne krigen, og er fiendtlig innstilt til de fattige. "