The internett selv hadde svært lite sikkerhet bygget inn i den. Som består av mange mindre uavhengige nettverk som strakte seg over hele kloden, banen som en datapakke tok å komme fra punkt A til punkt B var uforutsigbar. Med populariteten til internett, ble det viktig å være i stand til å overføre mange typer kritiske data med noen mengden av sikkerhet. Netscape Communications løste sikkerhetsproblem på internett ved å utvikle Secure Sockets Layer-protokollen (SSL) som brukes offentlig nøkkel kryptografi for å kryptere data som sendes over internett.
Dette er fortsatt den allment aksepterte sikkerhetsmekanisme og implementeres av alle nett browsers.FTPS sikker fil TransferModifications til FTP-protokollen ble gjort for å innlemme bruk av SSL for å kryptere filoverføringer over internett. Den modifiserte mekanisme er referert til som FTP. For å opprettholde bakoverkompatibilitet med den opprinnelige File Transfer Protocol, en FTPS tilkobling kan enten være eksplisitt, hvor sammenhengen mellom klienten tilkobling og serveren starter som vanlig FTP og deretter forhandler en sikker tilkobling, eller implisitt der tilkoblingen starter blir encrypted.
HTTPS Secure File TransferSince en nettleser er allerede i stand til offentlig nøkkel kryptografi, kan enkle nedlastinger og opplastinger utføres direkte via en nettleser bruker HTTPS-protokollen. Dette betyr at spesielle FTP-klient programvaren ikke er required.SFTP Secure File TransferThe Secure Shell-protokollen også kjent som SSH ble utviklet av Tatu Ylönen å aktivere sikker tilgang til eksterne skjell ved hjelp av offentlig nøkkel kryptografi og erstatte Telnet og andre usikre skjell. Denne protokollen har siden utviklet seg til også å støtte en filoverføring mekanisme kalt SFTP.
Den største fordelen med denne mekanisme er at den ikke krever åpning av en ekstra datakanal-forbindelse for overføring files.All av disse tre metoder for sikker filoverføring er basert på offentlig-nøkke